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1、EB(溴化乙錠)
溴化乙錠是一種高度靈敏的嵌入性熒光染色劑，為(wei) 強致癌誘變劑，但價(jia) 格便宜。它與(yu) DNA的結合幾乎沒有堿基序列特異性。在高離子強度的飽和溶液中，大約每2.5個(ge) 堿基插入一個(ge) 溴化乙錠分子。EB的這種特性使其成為(wei) 一種核酸染料，常用於(yu) 瓊脂糖凝膠電泳中的核酸染色。溴化乙錠在紫外區302nm和366nm處有吸收峰，在紫外光的照射下，溴化乙錠可被激發出橙紅色的熒光(590nm)。結合有DNA的溴化乙錠複合物的熒光強度要比沒有結合DNA的染料高出20-30倍，因此溴化乙錠可檢測到少至10ng的DNA條帶，非常靈敏。
2、Gel Green和Gel Red
由Biotium公司研發推出的EB替代染料，染色效果和EB差不多，在紫外下不容易淬滅，可以用於(yu) 膠回收。但價(jia) 格較貴。
GelRed 和 GelGreen 是兩(liang) 種集高靈敏、低毒性和超穩定性於(yu) 一身的的熒光核酸凝膠染色試劑。其水溶染色劑通過美國環保局安全認定，廢棄物可直接倒入下水道，而不會(hui) 造成任何環境汙染。其特點有：
1)高靈敏度：GelRed 和 GelGreen 是目前市場中靈敏的凝膠核酸染料之一;
2)穩定性*：可以使用微波爐加熱，可以在室溫下保存;
3)更安全：艾姆斯氏試驗結果表明，該染料的誘變性遠小於(yu) 溴化乙錠(EB);
4)廣泛的適應性：適用於(yu) 預製凝膠和凝膠電泳後染色;
5)染色過程簡單：與(yu) EB一樣，在預製膠和電泳過程中不必擔心染料降解;而電泳後染色過程也隻需30分鍾且無需脫色或衝(chong) 洗;
6)對 DNA 和 RNA 的遷移影響小：對核酸遷移的影響小於(yu) SYBR Green I?;
7)與(yu) 標準凝膠成像係統以及可見光激發的凝膠觀察裝置兼容：使用 312nm 激發的 UV 凝膠成像係統時，GelRed 可以的替代EB;使用 254nm 激發的 UV 凝膠成像係統或可見光激發的凝膠觀察裝置時，GelGreen 足以替代任意一種 SYB染料。但該染料會(hui) 使小片段DNA遷移慢一些(與(yu) EB相比).
3、Gold View I型/II型
Goldview對於(yu) 大片段DNA的染色效果良好，但是在對於(yu) 500bp以下的片段效果不是很好，還有一個(ge) 很致命的弱點是它的熒光基團在紫外燈下非常容易淬滅，一般5-10min條帶就會(hui) 消失。另外Goldview不適用於(yu) 膠回收。Goldview其實就是AO(丫啶橙，一種劇毒產(chan) 品)且熒光效果遠不如EB，靈敏度差，本底色嚴(yan) 重，不利用於(yu) 回收，不穩定，在紫外燈下其誘導突變能力*
4、SYBR Green 和SYBR Gold
穩定性差，也有毒性。它屬於(yu) 花箐素類核酸染料，花箐類染料不是無毒的，而隻是低毒的，電泳級別的是經過修飾的，修飾有三種：1.加入鹵素或氰基。2.插入環羥基。3.加入穩定劑。SYBR Green I是高靈敏的DNA熒光染料，適用於(yu) 各種電泳分析，操作簡單：無須脫色或衝(chong) 洗。至少可檢出20pg DNA，高於(yu) EB染色法25-100倍。SYBR Green I 與(yu) dsDNA 結合熒光信號會(hui) 增強800-1000倍，用SYBR Green I染色的凝膠樣品熒光信號強，背景信號低。SYBR Green和SYBR Gold相對於(yu) EB的穩定性要差很多。SYBR係列的染料也能進入細胞染色線粒體(ti) 以及核內(nei) 的DNA，從(cong) 而產(chan) 生危害。SYBR Green I已被證實在紫外光下將會(hui) 產(chan) 生強誘變能力，使DNA或其他物質發生突變。
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